「特別口座」とは、株券電子化開始時（2009年1月）に、証券会社を通じて証券保管振替機構（ほふり）に株券を預託されていない株式を管理するため、発行会社により株主名簿管理人（信託銀行等）に開設された口座のことです。
課税口座の一種である、特定口座とは異なります。
「特別口座」をお持ちの状態ですと、国内株配当金受取方法を「株式数比例配分方式」に設定することができません。
また、「特別口座」で管理されている株式は、直接株式市場で売買することはできません。
「特別口座」を解約（閉鎖）するには、特別口座管理機構（信託銀行等）で「特別口座」の解約（閉鎖）手続きを行う必要があります。
